上班族被忍者灵魂附身，对抗新京都的邪恶忍者。
在近未来的新京都，普通上班族藤木户浩介在一次恐怖袭击中失去了家人，自己被古代忍者灵魂附身，成为了“忍者杀手”。他专门狩猎隐藏在都市阴影中的邪恶忍者。本作中，藤木户面对的是更强大的敌人——企图用高科技控制整个新京都的“赛博忍者集团”。在追踪过程中，他结识了反抗组织的女忍者由佳，并发现了敌人计划背后的惊人真相。最终，在东京塔的决战中，藤木户必须完全接受忍者灵魂的力量，才能阻止整个城市被奴役。
独特的赛博朋克忍者世界观和夸张的动作设计极具特色。虽然风格荒诞，但打斗场面异常精彩，喜剧与动作的平衡把握得很好。