少年卷入宇宙战争，驾驶独角兽高达寻找神秘盒子。
在宇宙世纪0096年，少年巴纳吉·林克斯意外登上了传说中的机动战士“独角兽高达”，并卷入了一场关乎地球联邦与殖民卫星命运的冲突。他被委托寻找能够改变世界格局的神秘物品“拉普拉斯之盒”。在追寻过程中，巴纳吉结识了来自不同阵营的伙伴与敌人，包括神秘少女奥黛莉·伯恩和联邦军官利迪·马瑟纳斯。随着真相逐渐揭开，巴纳吉必须在战争的漩涡中坚守自己的信念，寻找人类共存的可能。
宏大的宇宙战争场面和深刻的政治隐喻是这部电影的特色。机甲设计精美，战斗场景震撼，对人性的探讨发人深省。